pkg_info | cut -d ' ' -f 1 | grep -v CGate | xargs -n 1 pkg_create -b
Лаконично.
Команда создает пэкэджи всех установленных сторонних программ (портов) в системе (кроме порта *CGate*). Установить потом их все можно будет тоже одной командой. Попробуйте повторить под мастдаем.